17岁的女高中生山内樱良，性格活泼开朗，浑身散发着正能量，人缘极好。不幸的是，她得了不治之症——胰脏疾病，这是一种疾病中的“王者”，为此，樱良只剩下不到一年的生命。
除了父母，再没有人知道她的病情，她不想被别人用同情的眼光看待，也不想成为被特殊关照的对象，就连对闺蜜恭子，她也刻意隐瞒了，原因是不想要恭子为自己感到悲伤和难过。
一次偶然的机缘，作为樱良同班同学的“我”，知道了她得病的秘密。樱良并不介意被“我”知道了她的秘密，反而表现出一种欣喜，甚至毫不忌讳地和“我”谈起了胰脏疾病以及俏皮地告知“我”自己余生不多的事实。
似乎是被一种神奇的力量牵引着，在樱良生命中最后的那段时光，原本沉默寡言，更不善交际的“我”，竟然一次又一次答应了和这个并不太熟悉的女生一起做她想做的事：去只有情侣和女生才会光顾的自助甜品店吃甜品、吃好吃的拉面以及和男生去外地旅行等等。那时，樱良已经开始写《共病文库》——这本日记记录了很多樱良认为值得一记的事情和想法，它成为身边的人了解樱良生前最后一段日子的唯一线索，也是“我”和樱良之间的友谊日渐深厚的见证。
几个月后，樱良突然离世。但她并不是被病魔夺走的生命，而是被害，凶手是一名陌生人。离别来得猝不及防。“我”悲伤，却并没有被悲伤摧毁。和樱良的父母比起来，“我”这点悲伤无足轻重。更重要的原因是，“我”陪樱良一起度过的最后时光，都被快乐填满了。“樱良走的时候一定是笑着的。”“我”想。
我知道自己为什么在第一次读到这个看似悲伤的故事后，并没有半点悲伤了。因为，故事的男女主角都没有把女主患病的事实当成一种灾难。性格原本就乐观的女主，把患病当成了改变自己的契机；而对一向都只是活在自己的世界里，并且认为与人打交道是一件麻烦事的男主来说，眼前这位愿意与自己分享秘密，并对生活中的每一点正能量都不肯放过的女孩，让自己不断地看见了生命的奇异光彩。
于是我们看到，在和女主相处了几个月后，男主的内心独白：她值得赞美的地方实在太多了，和她相遇、相知的日子里，她教会了我很多东西，包括短信交流——使我第一次体会到和人交谈的快乐。每次从她身上学到东西的时候，我都会觉得她很了不起。她是一个和我正好相反的人。我，因为胆小怯懦，始终把自己封闭起来，而她则敢于说出自己想说的话，做自己想做的事，勇于去开辟自己的人生。
在女主的影响下，男主打破了自己“对他人的事情不感兴趣，也不需要被他人关心”的人际信仰，转而希望自己成为能够认同别人的人， 成为被别人认同的人，希望成为能够爱别人的人，成为被别人爱的人。
于是，当面对恭子歇斯底里的质问自己为何不将樱良患病的消息告诉她时，男主只差一点点又变得和从前一样，认为这也无所谓，即使被人讨厌也无所谓，但是却马上摇了摇头，并诚恳地向恭子道歉，还主动表达了想和恭子做朋友的意愿。和恭子成为朋友，不仅是樱良的遗愿，也是男主自己的选择——想要变得和樱良一样主动。
女主离世后，在她留给男主的《共病文库》里，我们看到她对男主的真情告白：你不需要和别人发生联系，而是向内在发掘自己，制造出属于你自己的魅力。我也想拥有属于自己的魅力。
女主在生命的最后，按照自己的想法去做了很多一直想做却没有勇气去做的事，并且义无反顾，比如去外地旅行，和男生。最重要的是，她学着像男主那样独立，不依赖于身边的人，而是独自背负自身的责任，把患病的实情与亲爱的朋友们隔离，使他们远离悲伤，并且成功地做到了。
在信的最后，女主鼓起勇气，向男主表达了一句爱语：我想吃掉你的胰脏。
“我想吃掉你的胰脏”这句日式表白，以中式思维来理解，颇为恐怖，但这似乎又与我们的文化中那句“爱到骨髓”有着异曲同工。
从相遇到相知，再到彼此暗生情愫，两个看似完全不同的人，却能彼此建立起不是恋人却胜似恋人的默契和情感，原因在于：男女主角都想遇见一个和自己不一样的人。可以说，是他们自己的主动选择，吸引到了那个人。
